À ce jour, nombre de mystères du Sanctuaire historique de Machu Picchu ne sont toujours pas résolus, comme son rôle exact dans la connaissance approfondie qu’avaient les Incas de l’astronomie et de l’acclimatation d’espèces végétales sauvages. Le Sanctuaire historique de Machu Picchu est enchâssé dans un paysage de montagne spectaculaire d’une beauté panoramique et géomorphologique exceptionnelle, ce qui en fait un exemple unique d’une longue relation harmonieuse et d’une étonnante beauté entre la culture humaine et la nature.
Depuis 1983, ce sanctuaire est sur la liste du Patrimoine mondial de l'UNESCO.